La Communauté des moines de Bethléem est composée de trois monastères avec un gouvernement central.
Le Chapitre général est l’instance suprême de gouvernement de l’ensemble des frères. Il se réunit tous les trois ans. Il élit le Prieur général. Celui-ci assure le gouvernement de la Communauté entre deux Chapitres généraux. Il est assisté d’un Conseil, appelé Conseil permanent, composé de cinq frères.
Le Prieur général actuel s’appelle frère Jean-Baptiste. Ses conseillers sont frère Maximilien, frère Jérôme, frère Louis-Marie, frère Matthieu et frère Marek.
Le Père Cesare Falletti, O.Cist. a été nommé assistant apostolique par la Congrégation pour les religieux le 28 avril 2017.
Les visites canoniques des monastères préparent les Chapitres généraux et maintiennent vivante la fidélité au charisme dans les différents monastères. Elles servent ainsi l’unité de la Communauté des moines.
Le service de l’autorité dans chaque communauté locale est assuré par un prieur, élu pour trois ans. Il est assisté d’un conseil composé de quatre moines.
Tous les frères profès perpétuels du monastère constituent ensemble le Chapitre de communauté. Il est réuni régulièrement par le prieur. Il est une instance d’écoute mutuelle, de discernement et de concertation, et est amené à voter certaines décisions pour le cheminement de la communauté, dans la fidélité aux orientations du Chapitre général.